El Celler comptava amb dos òrgans bàsics: una junta general formada per tots els socis, que prenia les decisions per majoria, i un consell d’administració per a la gestió al detall de l’entitat. Els diferents moment polítics que va viure, però, van condicionar la seva autonomia. Durant la Guerra Civil, amb el procés revolucionari al camp, el Celler passa a ser una secció d’un sindicat agrícola unificat, que aplega tots els sindicats de la vila, sota el nom d’Unió de Rabassaires i després Pins del Vallès. Amb el franquisme continua sent una secció d’un sindicat unificat, amb el nom de San Pedro, que el 1941 esdevé la Hermandad Sindical de Labradores y Ganaderos. El 1946 el Celler va recuperar l’autonomia constituint-se en la Cooperativa Vitivinícola de Sant Cugat del Vallès, amb òrgans de govern independents, tot i que va restar enquadrada i molt vinculada a la Hermandad.